ABSTRACT
Background: To control the spread of coronavirus disease-19 (COVID-19) caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2), it is necessary to adequately identify and isolate infectious patients particularly at the work place. Real time polymerase chain reaction (RT-PCR) assay is the recommended confirmatory method for the diagnosis of SARS-CoV-2 infection. The aim of this study was to determine the prevalence of SARSCoV-2 infection in Burkina Faso and to use the initial cycle threshold (Ct) values of RT-PCR as a tool to monitor the dynamics of the viral load. Methodology: Between September 2021 and February 2022, oropharyngeal and/or nasopharyngeal swab samples of consecutively selected COVID-19 symptomatic and apparently healthy workers from the Wahgnion mining site in the South-western Burkina Faso who consented to the study were collected according to the two weeks shift program and tested for SARS-CoV-2 using RT-PCR assay. Patients positive for the virus were followed-up weekly until tests were negative. Association of the initial RT-PCR Ct values with disease duration was assessed by adjusted linear regression approach. Two-sided p value < 0.05 was considered statistically significant. Results: A total of 1506 (92.9% males) participants were recruited into the study, with mean age and age range of 37.1ï±8.7 and 18-68 years respectively. The overall prevalence of SARS-CoV-2 infection was 14.3% (216/1506). Of the 82 patients included in the follow-up study, the longest duration of positive RT-PCR test, from the first positive to the first of the two negative RT-PCR tests, was 33 days (mean 11.6 days, median 10 days, interquartile range 8- 14 days). The initial Ct values significantly correlated with the duration of RT-PCR positivity (with ß=-0.54, standard error=0.09 for N gene, and ß=-0.44, standard error=0.09 for ORF1ab gene, p<0.001). Participants with higher Ct values corresponding to lower viral loads had shorter viral clearance time than those of lower Ct values or higher viral loads. Conclusion: Approximately 1 out of 7 tested miners had SARS-CoV-2 infection and the duration of their RT-PCR tests positivity independently correlated with the initial viral load measured by initial Ct values. As participants with lower initial Ct values tended to have longer disease duration, initial RT-PCR Ct values could be used to guide COVID-19 patient quarantine duration particularly at the work place.
Contexte: Pour contrôler la propagation de la maladie à coronavirus 19 (COVID-19) causée par le syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus-2 (SRAS-CoV-2), il est nécessaire d'identifier et d'isoler de manière adéquate les patients infectieux, en particulier sur le lieu de travail. Le test de réaction en chaîne par polymérase en temps réel (RT-PCR) est la méthode de confirmation recommandée pour le diagnostic de l'infection par le SRAS-CoV-2. Le but de cette étude était de déterminer la prévalence de l'infection par le SRAS-CoV-2 au Burkina Faso et d'utiliser les valeurs du seuil initial du cycle (Ct) de la RT-PCR comme outil de suivi de la dynamique de la charge virale. Méthodologie: Entre septembre 2021 et février 2022, des écouvillonnages oropharyngés et/ou nasopharyngés de travailleurs symptomatiques COVID-19 et apparemment en bonne santé sélectionnés consécutivement du site minier de Wahgnion dans le sud-ouest du Burkina Faso qui ont consenti à l'étude ont été prélevés selon les deux programme de quart de semaines et testé pour le SRAS-CoV-2 à l'aide d'un test RT-PCR. Les patients positifs pour le virus ont été suivis chaque semaine jusqu'à ce que les tests soient négatifs. L'association des valeurs Ct initiales de la RT-PCR avec la durée de la maladie a été évaluée par une approche de régression linéaire ajustée. Une valeur p bilatérale < 0,05 a été considérée comme statistiquement significative. Résultats: Un total de 1506 participants (92,9% d'hommes) ont été recrutés dans l'étude, avec un âge moyen et une tranche d'âge de 37,1 à 8,7 ans et de 18 à 68 ans, respectivement. La prévalence globale de l'infection par le SRAS-CoV-2 était de 14,3% (216/1506). Sur les 82 patients inclus dans l'étude de suivi, la plus longue durée de test RT-PCR positif, du premier test positif au premier des deux tests RT-PCR négatifs, était de 33 jours (moyenne 11,6 jours, médiane 10 jours, intervalle interquartile 8-14 jours). Les valeurs Ct initiales étaient significativement corrélées à la durée de positivité de la RT-PCR (avec ß=-0,54, erreur standard=0,09 pour le gène N et ß=-0,44, erreur standard=0,09 pour le gène ORF1ab, p<0,001). Les participants avec des valeurs de Ct plus élevées correspondant à des charges virales plus faibles avaient un temps de clairance virale plus court que ceux avec des valeurs de Ct plus basses ou des charges virales plus élevées. Conclusion: Environ 1 mineur testé sur 7 était infecté par le SRAS-CoV-2 et la durée de la positivité de ses tests RTPCR était indépendamment corrélée à la charge virale initiale mesurée par les valeurs Ct initiales. Comme les participants avec des valeurs Ct initiales inférieures avaient tendance à avoir une durée de maladie plus longue, les valeurs Ct initiales de la RT-PCR pourraient être utilisées pour guider la durée de la quarantaine des patients COVID19, en particulier sur le lieu de travail.